Schon 955 soll der Sachsenherzog und spätere römisch-deutsche Kaiser Otto I. im Bereich des heutigen Malchow eine erfolgreiche Schlacht gegen die Slawen geschlagen haben.
Schon 955 soll der Sachsenherzog und spätere römisch-deutsche Kaiser Otto I. im Bereich des heutigen Malchow eine erfolgreiche Schlacht gegen die Slawen geschlagen haben. 1147 wurde der Ort erstmals in einer Urkunde erwähnt, und 1298 siedelten sich hier Nonnen des Büßerinnenklosters aus Röbel an. Die alte Feldsteinkirche des Dorfes wurde zur Kirche der neuen Klosteranlage, die sich wiederum mit der Reformation zum Damenstift wandelte.
In den 1840er-Jahren dann leitete der Schinkel-Schüler und Großherzogliche Hofbaumeister von Mecklenburg-Strelitz, Friedrich Wilhelm Buttel, den Neubau der neugotischen Kirche als Ersatz für die alte Kirche. Nur 40 Jahre später brannte Buttels Werk 1888 bis auf den Turm ab. Nun kam der Architekt Georg Daniel zum Zuge, der auch am Umbau des Schweriner Schlosses beteiligt gewesen war. Aus den Jahren des Daniel’schen Wiederaufbaus stammen u. a. die in Innsbruck gefertigten Glasbilder in den Chorfenstern und im Querhaus, die die elf Apostel und Paulus als Motive haben, sowie die Friese-III-Orgel.
Seit 1997 wird die Kirche als Orgelmuseum genutzt, das die Besucher über die 2000-jährige Geschichte dieses Instruments informiert. Hier werden auch Teile Mecklenburger Orgeln gesammelt, die am ursprünglichen Standort gefährdet sind oder nicht repariert werden können. Zum Bestand gehören neben der einst beim Malchower Gottesdients zu hörenden Orgel auch andere spielbare Instrumente, u. a. eine Lütkemüller- und eine Runge-Orgel.
